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前特首曾蔭權爵士任內構思、獲批逾15億港元購置的新空管系統醜聞不斷，民航處再被揭發聘請關係密切的國外公司出任為新空管的「獨立」顧問，其意見的獨立性受到質疑。

新空管系統去年11月啟用以來事故頻繁，民航處至少9次發聲明引述「海外獨立顧問」英國國家航空交通服務有限公司(下稱NATS)的意見，引證新空管系統運作暢順。惟香港的傳真社取得民航處內部文件證實，民航處自2009年起已與NATS關係密切，更曾商議成為「策略夥伴」。

傳真社引述政府消息人士確認，民航處曾於2015年10月要求以單一招標方式委聘NATS為獨立顧問，而作價亦剛好低於140萬港元，符合《物料供應及採購規例》的單一招標要求。民航處內部又曾分析若委聘NATS為顧問，「在商業利益方面會較為靈活」。

傳真社取得的民航處內部文件證明處方與NATS的關係一直密切。根據一份2009年的文件，民航處高層在當年4月與NATS進行會議，NATS除了以近13萬港元為民航處提供訓練服務，更向民航處建議「在策略夥伴基礎上，合作制訂計劃增加機場跑道的容量。由2009年10月的每小時58架次，提升至2015年的68至71架次，最終達到第三跑道啟用後的每小時102至105架次」，文件又提到「NATS會為民航處製訂北跑道的復飛程序…NATS被要求控制成本在130萬港元以下」。

向傳真社提供有關文件的民航處消息人士批評，由民航處委聘NATS作為所謂獨立顧問，就新空管系統的準備程度向運房局提供專業意見，完全是一場公關騷，並指該些建議措施民航處於2011年已經一早知悉。