西九興建香港故宮文化博物館連日來引起爭議，西九管理局董事局凌晨發表聲明，全面反駁外界多項指控，更強調[#ff0314]身兼董事局主席的政務司司長林鄭月娥，於今年上半年諮詢董事局資深成員[/size=6][/#ff0314]包括副主席夏佳理，以及當時的博物館委員會主席羅仲榮。
西九管理局聲明指，在2016年11月28日舉行的管理局董事局特別會議上，與會成員一致通過興建香港故宮文化博物館。在此之前，董事局主席林鄭月娥曾於2016年上半年諮詢董事局資深成員包括副主席夏佳理，以及當時的博物館委員會主席羅仲榮，並於其後聯同民政事務局高層官員為董事局成員舉行兩次詳盡的項目簡介。
董事局認為，在香港興建香港故宮文化博物館，長期展示由故宮博物院借出工藝精湛的稀世珍寶是一項獨特的安排。此項合作協議安排史無前例，在國際博物館界踏出重要一步。由於項目對香港以及西九文化區的裨益，董事局予以全力支持。　
對於有評論質疑香港故宮文化博物館，是否符合西九文化區的願景和目標，董事局發言人指出，根據《西九文化區管理局條例》第4條2（j）款，管理局的其中一項職能為「促進並加強中國內地、香港與任何其他地方之間的文化交流及合作」。香港故宮文化博物館除了為加強香港與內地文化交流提供平台外，更可讓故宮博物院透過香港聯繫世界。香港故宮文化博物館亦與其他在文化區內正在興建或規劃中的核心藝術文化設施極其配合。此外，香港故宮文化博物館為本地研究和教育機構提供寶貴的合作契機，聯同正在興建的M+博物館，為本港博物館業界培育策展、教育、文物保育和其他相關專才。
另一評論指西九文化區應只注重現代藝術和文化，董事局發言人表示絕無此說。西九文化區的願景一直是發展成為一個綜合文化藝術區，提供國際級文化、消閒和旅遊項目，成為吸引本港居民和來自世界各地遊客務必到此一遊的地方。興建戲曲中心、演藝綜合劇場以及其他音樂和表演設施足證西九文化區領域之廣闊。
發展圖則於2012年年初獲城市規劃委員會(城規會)同意刊憲和於2013年年初獲行政長官會同行政會議核准之前，西九管理局已根據西九文化區管理局條例相關條文就制訂發展圖則進行了廣泛的公眾諮詢。在面積約一萬平方米的選址興建香港故宮文化博物館，屬發展圖則核准圖內經常准許的用途，其擬議的總樓面面積和建築物高度均沒有超逾發展圖則上相關用途地帶支區的限制。因此，有關發展並不需要城規會的規劃許可及進行相關諮詢。
董事局又認為，香港故宮文化博物館的設計，應出自本地建築師之手。嚴迅奇建築師對西九文化區的願景有深刻了解，其國際級博物館設計和建築專業知識獲廣泛認同。由他設計的廣東省博物館和雲南省博物館奪得香港建築師學會全年境外建築大獎，以及國際邀請競賽冠軍。他醉心中華文化，貢獻獲業界認同之餘，也提升了本港建築的國際地位和聲譽。有見及此，管理局認為直接委任許李嚴建築師事務所擔任項目的建築師是合適的安排。
管理局董事局認為在正式簽署《香港故宮文化博物館合作備忘錄》前，不宜公布有關項目的資料，現在有關項目已經公布，董事局希望讓公眾和持分者參與推展項目，並將於稍後公布有關參與活動的時間和方式。
管理局董事局留意到有評論認為不再推展大型表演場地的決定與推展香港故宮文化博物館項目有關。發言人指絕對與事實不符。管理局在決定不再推展大型表演場地之前，曾考慮所有相關因素，特別是商業可行性以及市場環境因素；同時也考慮到政府落實發展啟德體育園(其中50,000座位的主場館可配置為容納不同觀眾數目的表演場地)，並保留12,500個座位的香港體育館，作體育及表演用途等因素。
為了確保檢討大型表演場地可行性的工作專業持平，管理局聘請了獨立顧問，全面檢討有關於西九文化區設立大型表演場地的事宜。經過詳細審視評估報告，管理局董事局認為不再適宜推展原計劃大型表演場地項目，並決定考慮在原址發展中型多用途設施，涵蓋展覽、會議及表演，或其他合適項目等。管理局董事局在2016年9月有關大型表演場地未來路向的決議，完全是根據項目的技術和商業效益考慮而作出。事實上，香港故宮文化博物館的選址，只是利用原計劃大型表演場地騰出的部分空地，其餘部分足夠興建一座多功能展覽中心。

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