http://hk.apple.nextmedia.com/realtime/china/20161015/55778330中央巡視組炮轟國務院港澳辦，存在領導不夠堅強有力，以及選人用人滿意度低等問題，矛頭直指港澳辦主任王光亞。有評論指，中央不滿港澳辦對香港事務態度不夠強硬，令外界再度關心，中央另一對港機構「中聯辦」，是否會步港澳辦後塵遭到整頓，而中央對港政策會變得更強硬、更向左傾。

港澳辦與中聯辦屬同等級別的機構，一個在北京，一個在香港，作為中央對港的兩大機構；其中，國務院港澳事務辦公室（簡稱：港澳辦），其主要職能就包括：承辦國務院交予的與香港、澳門有關的法律事宜，就基本法實施涉及的法律問題研究提出意見；了解香港、澳門有關情況，提出政策建議；以及對中央駐香港、澳門機構提出的有關事宜提供意見、建議和工作協助等。
至於中聯辦官方網站，機構全名為「中央人民政府駐香港特別行政區聯絡辦公室」，獲國務院賦予五項主要職能，包括：一、聯繫外交部駐香港特別行政區特派員公署和中國人民解放軍駐香港部隊；二、聯繫並協助內地有關部門管理在香港的中資機構；三、促進香港與內地之間的經濟、教育、科學、文化、體育等領域的交流與合作，聯繫香港社會各界人士，增進內地與香港之間的交往，反映香港居民對內地的意見；四、處理有關涉台事務；五、承辦中央人民政府交辦的其他事項。
由此可見，在中港事務上，中聯辦扮演的主要是「聯繫」角色；說到要在中港事務上協調和合作，港澳辦似乎才有更多話事權。據知，自從來自港澳辦系統的張曉明，接掌中聯辦，兩大機構已有默契，中聯辦以後會多走在前綫，抓緊對外工作，港澳辦則主力幕後和支援。不過，王光亞是中央委員，且曾任外交部副部長、黨委書記等要職；但張曉明就仍然是中央委員會候補委員，亦是歷屆唯一一位不是中央委員的中聯辦主任。地位職級的不相稱，也令中聯辦不便於出面領導。
亦有指，港澳辦與中聯辦的權鬥已白熱化。因較早前已有傳媒指，港澳辦因不滿中聯辦逾越聯絡部門職能，自視為中央治港化身，造成港人對北京不滿，因而向外海傳媒「放風」發文炮轟中聯辦。
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