http://hk.apple.nextmedia.com/realtime/news/20160824/55546701在去年港大副校任命風波中被指「插水」受傷的港大醫學院外科學系系主任盧寵茂，有傳將會「升職」，任港大深圳醫院院長。網媒《香港01》報道指，港大深圳醫院2012年開業起任院長的鄧惠瓊，即將退休，據了解，港大較早前就院長之位在內部招募，高層最終屬意盧寵茂任院長，最快下月正式公布任命，料最快11月履新。

報道指，有港大職員透露，除盧寵茂外亦有另一位教授有意角逐院長一職，但結果盧寵茂成功跑出。盧寵茂今年7月在授勳名單榜上有名，獲銅紫荊星章。另有報道指盧寵茂上任後料將主力拓展肝臟移植服務。
不過，港大與深圳市政府合辦的公立「港大深圳醫院」一直流血不止，港大墊支2億元被拖數，深圳市政府聲言待醫院有財力才還款，今年傳出港大面臨再須墊支至少6億元的無底深潭危機。醫療服務方面，曾有深圳市民向深圳媒體投訴，難以用正常途徑預約醫院產科檢查，並且發現原來預約檢查位都被「黃牛黨」取得，並以2,500元人民幣（約2,910港元）出售，質疑院方的預約制度透明度不足。