菲律賓總統艾奎諾三世在2010年11月在日本橫濱出席亞洲太平洋經濟合作組織會議期間，曾向香港行政長官曾蔭權明確表示菲律賓政府會為死因研訊提供協助[100]。不過，[#FF0000]香港死因裁判法庭向116名菲律賓證人發出傳票，結果開庭當天卻無人確定來港或視象作供，菲律賓司法部轉告71名證人拒絕來港作供。[/#FF0000]

2011年2月15日，死因裁判官陳碧橋罕有地傳召菲律賓駐港副領事羅克（Val Simon T.Roque）出庭交代，但他只表示兩地司法機構有直接對話，總領事館一直扮演溝通角色，拒絕作出任何承諾，又對陳碧橋要求他出庭匯報進展表示感到驚訝[101]。2月28日，6名生還團友及殉職領隊謝廷駿的兄長謝志堅發表聯合聲明[102]，要求菲律賓政府實現協助香港調查的承諾，安排證人來港作供[103]。政務司司長唐英年在3月3日召見菲律賓駐港總領事柯明，促請菲律賓政府採取必要措施，配合死因研訊[104]

[#FF0000]3月9日，菲律賓駐港總領事館通知律政司有一名菲證人願意視象作供[105]。香港警方派員隨同高級政府代表律師，前往到馬尼拉一商業會議中心安排視象作供[106]，原定率先傳召5名講述驗屍及處理證物的菲律賓警方人員，在3月15日均缺席視象作供[107]。直到3月16日，門多薩弟弟格雷戈里奧成為聆訊中首名視象作供的菲律賓證人[108][109]。[/#FF0000]

3月17日，兩名菲律賓證人再度缺席視象作供，曾蔭權在當天致電外交部駐港特派員公署，要求外交部向菲律賓當局轉達本港的強烈要求；唐英年亦致電菲律賓駐港總領事柯明，再度促菲當局全力配合聆訊工作[110]。7名生還人質及死者家屬在3月18日與曾蔭權會面，向政府提出訴求[111]。幾經交涉，菲律賓司法部批准9名國家調查局法醫及法證人員作供[112]。

立法會保安事務委員會在3月19日舉行特別會議，有議員要求行政長官曾蔭權提升外交層次，向中央政府反映，促請菲律賓政府協助香進行港死因聆訊。出席會議的時任保安局副局長黎棟國表示，對菲律賓政府的不合作感到失望[113]。菲律賓司法部在3月20日再度通知香港律政司，安排4名證人進行視象作供，包括一名繪圖員、兩名化驗師及一名法醫，但死因裁判官陳碧橋認為有關證供對聆訊沒作用，直言「等到現在？你們不用來了！」[/size=6]，直接進入結案程序[114]。